Bolile autoimune prezintă un spectru larg şi se clasifică în boli specifice unui organ în care răspunsul imun este direcţionat împotriva unei substanţe localizate într-un organ particular şi boli sistemice (nespecifice unui organ anume) în care substanţa atacată este prezentă în mai mute ţesuturi şi organe.